В статье представлены результаты исследования по разработке методологии оценки результатов клинико-функционального обследования спортсменов циклических видов спорта на примере спортсменов лыжных видов спорта. Показано влияние уровня спортивного мастерства и периода тренировочного процесса на выбор протокола специфического нагрузочного тестирования спортсмена. Авторами проведена сравнительная характеристика данных основных функциональных показателей при проведении неспецифической и специфической нагрузки; разработаны и апробированы универсальные протоколы специфического функционального тестирования спортсменов лыжных видов спорта, позволяющие в лабораторных условиях создать нагрузку, соответствующую профессиональной деятельности спортсменов с учетом их гендерных различий, уровня спортивного мастерства, а также периода тренировочного процесса.